Tijdens de oorlog werd in eerste instantie duchtig gebruik gemaakt van het buurtspoorwegennet. Dit netwerk zorgde voor het transport naar het front en voor de afvoer van gewonde soldaten. Op termijn bleken nieuwe lijnen echter noodzakelijk, vooral aan het front. Naast de klassieke spoorweginfrastructuur ontstond er na een tijdje ook een netwerk van smalsporen. Deze netwerken werden zowel door de Duitsers als door de bondgenoten aangelegd. In Oudenburg  bijvoorbeeld werd zo een tijdelijk spoorwegnetwerk aangelegd tijdens de Eerste Wereldoorlog met zowel sporen van het type Kleinbahn als het type Förderbahn . Met Kleinbahn werd een één-meterspoor bedoeld, met Förderbahnen sporen van 60 cm breed of smaller. Ook in Zevekote waar diverse commandoposten waren ingericht, werd er toen een Kleinbahn of één-meterspoor aangelegd langs de baan tussen Sint-Pieterskapelle en Zevekote.

Verder werden sommige stations - vaak omwille van hun strategische ligging - uitgebreid. Dit was bijvoorbeeld het geval in Zarren, dat tijdens de Eerste Wereldoorlog een verkeersknooppunt was voor het IJzerfront en door de Duitsers werd omgebouwd tot een pionierspark met onder meer barakken en opslagruimte voor munitie en materiaal voor het front. Ook hier werden smalsporen aangelegd. Ten behoeve van de waterbevoorradingen werd het station toen uitgerust met een watertoren.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog viel het spoorwegennetwerk opnieuw grotendeels in handen van de Duitsers. De aanwezigheid van Duitse militairen op ons grondgebied zorgde voor ongenoegen bij de bevolking en leidde tot het ontstaan van verzetsbewegingen en sabotagedaden. Eén van deze daden speelde zich af in de nacht van 3 op 4 september 1944. De Zarrense tak van het  “Geheim Leger’, onder leiding van Cyriel Boone, kreeg de opdracht van het Geheim Leger van Oostende om spoorlijn 73 tussen Esen en Zarren te saboteren en het treinverkeer te vertragen. Het bruggetje over de Zarrenbeek werd opgeblazen. Hierdoor ontspoorde een goederentrein en werd het spoorverkeer quasi onmogelijk tot na de bevrijding.

Na de oorlog bleef de spoorweginfrastructuur verweesd achter. Omwille van hun belangrijke rol in het aanvoeren van soldaten en munitie, werden spoorwegen ook bewuste doelwitten. Zo werd bijvoorbeeld, door beide partijen, gebruik gemaakt van spoorkanonnen en moesten ook heel wat spoorwegbruggen er aan geloven. Na de oorlog, zowel na de Eerste als na de Tweede Wereldoorlog stonden de eerste jaren steeds in het teken van herstel.

De wederopbouw kostte echter ook handenvol geld. Om de schuldenlast te verminderen besloot men in 1926 een Nationale Maatschappij der Belgische Spoorwegen op te richten die het exploitatierecht over de spoorwegen kreeg voor een periode van 75 jaar. De aandelenstructuur van dit bedrijf zorgde er voor dat kapitaal kon worden aangetrokken en dat komaf werd gemaakt met stroeve overheidsadministratie die het nemen van vooruitstrevende en snelle beslissingen in de weg stond.

De wederopbouw bood meteen ook opportuniteiten om vernieuwingen door te voeren. Na de Eerste Wereldoorlog verkeerden veel van de toen nog houten rijtuigen in zeer slechte staat en waren zij voorzien van gasverlichting waarvan de veiligheid in vraag kon gesteld worden. Deze begon men stelselmatig te vervangen. Na de Tweede Wereldoorlog, vanaf 1949 werd daarenboven ook werk gemaakt van de elektrificatie. Ook verschenen de eerste elektrische locomotieven op de rails. Comfort trad eveneens op de voorgrond, met aandacht voor verwarming, sanitair en geluidsisolatie.

Koning auto deed evenwel ook zijn intrede en werd al gauw een statussymbool dat na de Tweede Wereldoorlog in het bereik kwam te liggen van de gewone hardwerkende man. Het toenemende wegverkeer zorgde er voor dat sommige kleinere spoorlijnen verlies leden en werden afgeschaft.

In onze regio had het oorlogsleed een heel grote impact op de bestaande spoorlijnen. Spoorlijn 62 kende grote aanpassingen tijdens de Tweede Wereldoorlog toen Duitsers het dubbelspoor ombouwden naar een enkelspoor. Na de Tweede Wereldoorlog taande het succes van de lijn. Reeds in 1955 was het personenvervoer tussen Torhout en Ieper gestaakt (spoorlijn 63), in 1963 gebeurde hetzelfde tussen Torhout en Oostende.